Son los diferentes tipos de bacterias, virus, protozoos y otros organismos que transmiten enfermedades como el cólera, el tifus, gastroenteritis y diversas hepatitis. En los países desarrollados principalmente se da muerte a niños prematuros. Estos microbios llegan al agua en heces y otros organismos que puedan infectar a personas. Para medir la salubridad del agua es el número de bacterias coniformes presentes en el agua.
Los microorganismos patógenos en el agua se pueden dividir en cuatro categorías:
Las bacterias y virus se pueden encontrar tanto en las aguas subterráneas como en las aguas superficiales, mientras los protozoos son comunes de las aguas superficiales.
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